依据《养殖业“十二五”良种工程建设规划》，2013年全国畜禽良种工程将继续向育种方面倾斜，重点支持畜禽新品种培育选育项目和畜禽原种场(核心育种场)建设，同时对具有基础性、公益性的畜禽遗传资源保护场、保护区、基因库、种畜禽质量检测中心、遗传评估中心、种公猪站、种公牛站等项目也予以支持。在品种布局上，为稳定牛羊肉生产发展，适当加大牛羊种畜场建设的支持力度。

　　(一)畜禽遗传资源保护场、保护区和基因库

　　选项条件：重点支持列入《国家级畜禽遗传资源保护名录》的138个畜禽品种资源(农业部公告第662号)，适当兼顾国家公布的新发现资源(农业部公告第1325号)和部分列入省级保护名录的濒危品种，优先支持农业部公告第1058号和1587号公布的保种场、保护区和基因库。

　　主要建设内容：改扩建标准畜禽保种舍，购置必备的仪器设备，更新畜禽品种保存设施设备等。

　　投资规模：每个保护场和保护区中央投资控制规模200万元。国家级家畜基因库改扩建中央投资控制规模为600万元。

　　(二)种畜禽质量检测中心和遗传评估中心

　　选项条件：选择基础较好、种畜禽产业优势明显的区域建设种畜禽质量检测中心，具体包括省部级生猪、肉牛、家禽等生产性能测定中心和奶牛DHI测定中心，以及国家级奶牛、肉牛等遗传评估中心等。建设单位需具有相应的种畜禽测定、品性鉴定等业务能力和基础，配备有相应技术人员，资产和财务状况良好，运转机制灵活，有较稳定的运行经费来源。遗传评估中心具有相应收集、分析、整理种畜遗传资料的技术力量。

　　主要建设内容：种畜禽质量检测实验室和畜禽测定舍建设，质量检验检测必备的仪器设备购置;遗传评估中心的基础设施建设和仪器设备购置等。

　　投资规模：每个种畜禽质量检测中心和家畜遗传评估中心中央投资控制规模为300万元。

　　(三)种公猪站和种公牛站

　　选项条件：种公猪站存栏种公猪50头以上，取得种畜禽生产经营许可证。种公牛站存栏采精种公牛50头以上(以农业部已公布牛号的公牛头数为准)，已开展种公牛后裔测定工作并取得一定成效(以奶牛为主的种公牛站，有后裔测定成绩的采精种公牛头数在15头以上)，具有农业部发放的种畜禽生产经营许可证，并已经完成了转企改制。

　　主要建设内容：种公畜饲养舍、精液等遗传材料生产,以及质量检测的基础设施建设和仪器设备购置等。

　　投资规模：每个种公猪站中央投资控制规模150万元左右，每个种公牛站中央投资控制规模400万元左右。

　　(四)畜禽原种场(核心育种场)

　　畜禽原种场重点支持综合实力强、发展后劲足、运转机制活的种业企业，具有与项目品种对应的省级种畜禽生产经营许可证。主要建设内容为标准化畜禽圈舍改扩建，种畜禽生产性能测定、疫病监测净化设备和其他必备仪器设备购置，以及必需的畜禽良种引进(引种不超过总投资的20%，中央投资不用于此项)等。生猪、奶牛、肉牛原种场中央投资控制规模为300万元，羊、家禽和其它畜种中央投资控制规模为200万元。各畜种具体的选项条件如下：

　　1.生猪。根据《全国生猪遗传改良计划(2009-2020年)》的规定，支持已公布的国家生猪核心育种场的建设，优先考虑其中育种基础条件较好的育种场。

　　2.奶牛。根据《中国奶牛群体遗传改良计划(2008-2020年)》的规定，支持种子母牛场建设，每场存栏优秀种子母牛200头以上，开展奶牛生产性能测定，参加种公牛后裔测定的优先考虑(与种公牛站签订种公牛后裔测定或种公牛培育的合作协议)。

　　3.肉牛。肉牛原种场单品种基础母牛存栏200头以上，已开展种牛生产性能测定工作(与种公牛站签订种公牛培育的合作协议)，具备培育种牛的基础条件和技术力量等。支持品种主要包括西门塔尔、夏洛莱和利木赞等引进品种，地方黄牛、水牛和牦牛品种，以及夏南牛等通过国家审定品种。

　　4.羊。肉种羊场特、一级基础母羊400只以上，毛绒羊场特、一级基础母羊800只以上，已开展种羊生产性能测定工作，具有培育种羊的基础条件和技术力量等。肉羊支持方向为萨福克、特克赛尔、无角陶赛特、杜泊、德国肉用美利奴和波尔山羊等引进品种，以及具有一定市场占有率的地方优良品种和通过国家审定的培育品种。毛绒羊主要支持生产优势区域的主导品种。

　　5.家禽。蛋种鸡场基础群存栏1万套以上，具备3个以上的蛋用鸡品系纯系，目前至少形成1个配套系的供种能力，场内具备同时测定4个配套系的生产性能测定能力。肉鸡种鸡场需具备选育所需的育种素材和技术力量，育种舍饲养和环境控制条件达到国内先进水平。种水禽场基础群存栏5000套以上，具备水禽新品种(系)选育能力。

　　6.其他畜种。其他畜禽主要涉及马、驴、骆驼、兔、蜜蜂、特禽等，具体选项条件参照主要畜种执行，其中基础母畜存栏100头以上、基础母兔存栏1000只以上。

　　(五)畜禽新品种培育选育场

　　选项条件：支持通过国家审定的新品种(配套系)。主要对象是通过国家畜禽新品种(配套系)审定的第一培育单位。

　　主要建设内容：标准化畜禽育种圈舍改扩建，育种生产性能测定、疫病监测净化设备和其他必备仪器设备购置，以及必需的畜禽良种引进等。

　　投资规模：主要支持畜禽品种是猪和家禽，兼顾其他畜种，每个中央投资控制规模500万元。

　　上述项目中央与地方财政投资比例分别为：东部地区1：0.5，中部地区1：0.2，西部地区1：0.1，不足部分由项目单位自筹解决。每个省的申报数量控制在7个以内，计划单列市控制在2个以内。2011年已公示但未安排投资的项目，应在年度投资计划申报文件中予以确认，占2013年各地项目申报数量指标，并报送可行性研究报告，部里将组织专家按照《养殖业“十二五”良种工程建设规划》和2013年项目评审要求进行复核。对于不符合项目申报要求的畜种和扩繁场、良繁场和基地建设等类项目原则上不予支持。